InDesignに配置されている「Illustratorネイティブ「.ai」形式」のリンク情報を見ると、形式が「PDF」となっています。なぜでしょうか?
6月1日 Illustratorネイティブ「.ai」形式
Illustratorネイティブ「.ai」形式

IllustratorをInDesignに配置する場合、保存オプションで「PDF互換ファイルを作成」にチェックを入れます。
この設定で保存をした.Illustratorネイティブ「.ai」ファイルの構造はPDF形式として作成されます。Illustratorネイティブとはいうものの、PDFのコメントとしてIllustratorネイティブ情報が記述されたファイルとなります。
このファイルを、InDesignに配置するとPDF互換データの方が読み込まれます。よってリンク情報を見ると、形式が「PDF」となるわけです。