DTPの黎明期、EPS形式ファイルは常識でした。
Illustrator 8形式のEPSで入稿、画像はPhotoshop EPS
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Quark3.3に配置して、PostScript出力
これが王道のワークフローでした。
しかし、「透明効果」の登場で、この常識が一変します。
最新のIllustratorCC 2017で制作していても、EPSに保存しては意味がありません。
Illustratorネイティブ形式(ai)画像はPhotoshopネイティブ形式(psd)
PDF/x4出力が、現在のワークフローです。
そして、RIP演算にはEQUIOSに代表されるAPPEをお使いください。