下位バージョン(CS3・CS4・CS5)でレイヤーオプションのプリントがオフになっているファイルを、CS6で開くと、レイヤー表示に不具合が発生します。
5月16日 IllustratorCS6:レイヤー表示の不具合
Illustratorレイヤー表示の不具合

レイヤー2の「プリント」のチェックボックスがオフになっています。

レイヤー名が非表示になり、レイヤー1は左端の目玉マークも消えてしまっています。
更に、レイヤー名を新たに入力することもできませんでした。
他のバージョンでも色々と試してみましたが、同様な現象は発生しませんでした。
どうやら、IllustratorCS6でのみ発生するようです。